W latach okupacji pomimo koncentracji wokół Rembertowa dużych sił nieprzyjaciela rozwijała się tu działalność konspiracyjna. W mieście i sąsiednich miejscowościach działały liczne organizacje podziemne, najsilniejszą z nich była Armia Krajowa. Tak jak Okuniew, Rembertów należał do III Rejonu Związku Walki Zbrojnej - Armii Krajowej "Dęby", który wchodził w skład VII Obwodu "Obroża". Partyzanci z Rembertowa brali udział w wielu akcjach bojowych nie tylko na terenie Rembertowa i okolic, ale również w Warszawie. Bohaterstwo partyzantów i mieszkańców Rembertowa, jakim wykazali się podczas walk z okupantem, upamiętniają liczne pomniki i tablice. W Rembertowie Niemcy stworzyli aż siedem obozów pracy, były w nich obozy jenieckie oraz obóz pracy dla ludności żydowskiej. Szczególnie długo funkcjonował obóz pracy na terenie byłej fabryki "Pocisk", po wyzwoleniu przez Armię Czerwoną utworzono tam obóz NKWD. W styczniu 1944 r. powstała konspiracyjna Miejska Rada Narodowa, na czele której stanął literat Juliusz Wirski. Miejska Rada Narodowa funkcjonowała do 1957 r. wówczas Rembertów został przyłączony do Warszawy i stał się częścią dzielnicy Praga Południe.